Þegar Hugvísindastofnun var sett á laggirnar störfuðu innan Hugvísindadeildar fimm sjálfstæðar rannsóknastofnanir, hver á sínu sviði. Með einni sameiginlegri stofnun allrar deildarinnar var skapaður grundvöllur fyrir þverfaglegt samstarf bæði inn á við og út á við. Með tilkomu Hugvísindasviðs runnu saman Hugvísindadeild og Guðfræðideild. Við endurskoðun reglna um Hugvísindastofnun í árslok 2009 bættist því Guðfræðistofnun í hóp hinna faglega sjálfstæðu aðildarstofnana Hugvísindastofnunar sem nú eru:
Bókmennta- og listfræðastofnun
Guðfræðistofnun
Heimspekistofnun
Málvísindastofnun
Sagnfræðistofnun
Stofnun Vigdísar Finnbogadóttur í erlendum tungumálum
Allir fastir starfsmenn sviðsins eiga aðild að einni fræðistofnun, eða grunnstofnun, jafnframt því að eiga aðild að Hugvísindastofnun. Innan fræðistofnanna er sameiginlegur vettvangur þeirra sem fást við rannsóknir af sama meiði. Allar stofnanirnar standa fyrir ráðstefnum og málþingum og gefa út bækur á fræðasviðum sínum. Sumar eiga sér langa hefð í útgáfu – þannig hefur elsta ritröð Bókmennta- og listfræðastofnunar, Studia Islandica, komið út í yfir 60 ár.
Samkvæmt reglum Hugvísindastofnunar geta einnig starfað innan hennar sjálfstæðar rannsóknastofnanir með heimilisfesti á Hugvísindasviði. Þær eru faglega sjálfstæðar og starfa samkvæmt starfsreglum sem stjórn Hugvísindastofnunar setur að fengnu samþykki stjórnar fræðasviðsins. Innan Hugvísindastofnunar eru nú þrjár sjálfstæðar rannsóknastofnanir:
Enn fremur geta Hugvísindastofnun og grunnstofnanir, í samráði við stjórn Hugvísindastofnunar, komið á fót rannsóknastofum sem sinna tilteknum rannsóknaverkefnum, rannsóknasviði eða samstarfi, samkvæmt starfsreglum sem stjórn viðkomandi stofnunar setur þeim. Þá hefur Hugvísindastofnun gert samstarfssamning við stofnanir og rannsóknasetur sem starfa á sviði hugvísinda.